Bioconda是 Conda 这个软件管理包的一个 channel，其主要面对需要生物信息分析软件的用户。 bioconda channel中包含 各种语言写的软件包，不仅限于 python。

添加 bioconda channel后，安装生物信息软件就只需要使用 conda install就可以方便地安装软件，而不用担心这些软件的依赖了。conda 的具体 使用在虚拟环 境 中记录。

添加 bioconda channel

有anaconda或者miniconda后，只需要下面的命令就可以添加 bioconda channel。 但是，命令输入顺序需要严格按照下面的顺序，来保证相应的 channel 的优先 级，后添加的channel有更高的优先级。如果优先级不对的话，可以在之后进行 重新设置。

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

其中，defaults是conda默认的channel，conda-forge包括更多的defaults中没 有的基础软件。

使用 bioconda channel

添加好bioconda channel后，安装bioconda中的软件就只需要conda install， 一般就能直接安装所需要的生信软件和其相应的依赖。也可以使用conda install -c bioconda来指定channel进行安装。安装不同的生信软件的时候建 议创建不同的环境，这样不同的软件包的依赖就不会冲突。

例如我们要安装bwa，samtools，bcftools等软件：

conda create -c bioconda -n NGS bwa samtools bcftools

其中，conda create为创建环境的命令，-c bioconda指定了bioconda channel，-n NGS设置了新的环境的名字，后面跟着的是在创建环境时候就安装的软件。

conda activate NGS

激活环境后就可以使用安装好的生物信息软件了。